Del discurrir normal de la vidad de Hermandad desde 1933, es representativo que el 11 de julio de 1936 se encale la ermita a fin de contribuir a su mayor realce de cara a los cultos de septiembre. Esto nos indica que todo seguía los cauces habituales propios de la época de bonanza que vivía la corporación.
En el mes de febrero se habían producido cambios en la situación política de España, pues tras las elecciones generales, llega al poder el Frente Popular, y por consiguiente se produce una vuelta a los ideales del primer periodo republicano.
En la provincia, el clima de conflictividad social arreció desde el mes de marzo, y también nuestro pueblo vivió algunos hechos que demuestran la inserción en el ambiente de enfrentamiento violento, hechos en los que la cuestión religiosa está presente de una forma u otra: el párroco fue culpado de las heridas producidas por unos disparos a un civil en unos disturbios entre las fuerzas del orden público y unos manifestantes en la Plaza. Fue llevado a la cárcel y una vez liberado marchó a Sevilla. Por otro lado, el nombramiento del nuevo alcalde socialista no fue aceptado por su antecesor de derechas, negándose a abandonar la alcaldía.
Todos estos enfrentamientos son la antesala de los que sobrevendrán tras el golpe militar del 18 de julio de 1936. Nuestra provincia se configura como un área de conflicto, por encontrarse cerca de la zona sublevada, y permanecer en zona republicana hasta el día 29 del mismo mes. El Gobierno Republicano, incapaz de controlar la sublevación, es testigo de las reacciones populares que se producen en apoyo de la República. De este modo, un contingente de 500 obreros de la minas de Riotinto, se desplazaron a Sevilla con la intención de derrocar a los sublevados, pero su derrota y regreso a Huelva provocó un clima de inseguridad y desorden en torno a las clases conservadoras y la iglesia, produciéndose a partir de entoces los conocidos saqueos de templos.
Los días 19 y 20 de julio se producen los saqueos de Huelva, Corrales e Isla Cristina, pero sobre todo es el día 21 el que va a concentrar la mayor parte de la actividad destructiva de estos grupos de mineros contando con el apoyo de vecinos de los distintos pueblos.
Según las narraciones de los hechos conservadas en el Libro de Actas de la Asociación y Corte de Honor y a las notas recogidas por el párroco, podemos reconstruir los hechos, dejando a un lado la subjetividad propia de los narradores.
Los saqueos comenzaron en la Parroquia, que fue desalojada de todas sus imágenes y retablos, siendo éstos transportados a la Ribera para su quema, mientras que el archivo parroquial y otros enseres fueron quemados en la plaza Redonda. Continuaron en la ermita, prácticamente sin testigos debido a su situación extramuros y al pánico que entre los vecinos produjo el saqueo de la Parroquia. Según la versión popular la Venerada Imagen de la Virgen de Consolación, fue arrojada desde al camarín y junto con el mobiliario, retablos y demás enseres de la ermita, fue quemada en el lugar que ocupa hoy la plazoleta. Se conservan de la imagen, únicamente, las manos de la Virgen y algunos fragmentos de ésta y del Niño, así como parte de la corona fundida.
Del mismo modo, se salvó de la quema la pequeña imagen de candelero de la Virgen de la Reliquias, actualmente custodiada en el domicilio particular de los descendientes de un hermano en la vecina localidad de Lepe.
Estas jornadadas de gran tensión y conflictividad finalizaron con la toma de la capital por los nacionales el 29 de julio, quedando de manera inmediata toda la provincia bajo su control.
La normalidad, rota por estos sucesos, no se empieza a restablecer en la vida de Hermandad hasta el mes de septiembre. Se registra una reunión en el libro de actas, con fecha 15 del mismo mes, en la que se describen los "días de dolor para la Asociación", en referencia al 21 de julio, y se acuerda celebrar los cultos, marcados por la ausencia de la Venerada Imagen de la Santísima Virgen de Consolación. De tal forma, el estandarte o Simpecado con la imagen de la Santísima Virgen, fue entronizado en la Capilla del Sagrario de la Parroquia, único espacio restaurado en aquella fecha. Fue, por lo tanto, Nuestra Madre de Consolación, representada en su estandarte, la primera de las devociones de nuestro pueblo en ser repuesta a la veneración de sus devotos, una vez reabierta al culto la Parroquia.
Pero la falta de la Imagen Titular impedía notablemente el desarrollo de los cultos ordinarios, reducidos durante esta fecha y hasta que se realiza la nueva imagen. No obstante, y como ya hemos comentado, la imagen fue sustituida durante estos años por su estandarte, y ante él se celebró la novena durante dichos años: en 1936 en el Sagrario, y entre 1937 y 1939, en el Altar Mayor. La celebración principal de nuestra Hermandad revistió durante estos años un macado caracter penintencial y de oración motivado por el desarrollo de la Guerra Civil, no realizándose como es lógico las procesiones de bajada y subida, las postulaciones públicas ni las pujas, aunque si un Rosario de Penitencia que todos los sábados partía desde la Parroquia hasta la ermita desde julio de 1937.
Todo ello supuso un importante recorte en las cuentas de una Hermandad que hasta entonces había vivido una etapa de apogeo y engrandecimiento del culto, haciendo dificil el proceso de reparación de los daños sufridos. No obstante, en 1937 se inician los arreglos en la ermita, cuya nueva ornamentación se hace a cargo de donaciones de los devotos, así como mediante la venta de medallas o retratos de la Imagen desaparecida. No debemos de olvidar tampoco que una de las fuentes de ingresos tradiconales de la Hermandad era la producción de la tierra de su propiedad. En estos años se encontraba sembrada de trigo, de elevada retabilidad éste en épocas de carestía. Todos estos ingresos hacen que, a pesar del grave inconveniente de los daños sufridos en los primeros compases de la guerra, el saldo de tesorería se multiplique por quince desde el año 1937 hasta el 1939.
Pero sin lugar a dudas el mayor y principal propósito de la Hermandad era la realización de la nueva Imagen de la Santísima Virgen. Ésta, pudo haber sido costeada por alguna de las familias acomodadas vinculadas tradicionalmente al culto a la Virgen, como ocurrió con las demás imágenes desaparecidas en nuestro pueblo, pero dada la histórica y anclada devoción de los cartayaros hacia su Madre de Consolación, su ejecución fue costeada por suscripción popular. De que, contrastando con arraigada devoción a la Virgen, esta no llegase a Cartaya hasta 1940. Dicha suscripción, aprobada por el Arzobispo Cardenal Segura y Sáenz y el Ministro de la Gobernación, fue comenzada el 25 de abril de 1939, recién terminada la Guerra Civil, con la colecta a cargo de la señoras integrantes de la Junta Directiva, que recorriendo las calles del pueblo tomando nota de los donativos y sus donantes, para, como era común en la época, su posterior publicación en prensa. En un principio la Asociación había acordado la adjudicación de la realización de la imagen al escultor sevillano D.Francisco Ruiz Rodríguez, pero dada la gran cantidad de encargos que los escultores hispalenses tenían para sustituir las imágenes desaparecidas, y en un deseo de tener lo antes posible a la imagen de su devoción en Cartaya, acordaron encargar su ejecución al onubense D. Joaquin Gómez del Castillo, a propuesta del antiguo párroco D. Luis Cruz. La imagen, que debía estar realizada con la mayor riqueza y reproducir con la mayor exactitud a la desaparecida en 1936, debía estar terminada para la celebración de los cultos del año 1940, como así fue.
